1694 carte geographique ancienne, antiquarian map, le PERPIGNAN-de-Fer

En 1344, Perpignan perd son statut de capitale par la réintégration du royaume de Majorque dans la couronne d’Aragon. Dès 1346 elle est durement touchée par la peste noire. La ville ne s’en remet pas pendant longtemps.

Du 15 novembre 1408 au 26 mars 1409, Benoît XIII tient un concile à Perpignan⁴⁹.

À la mi-septembre 1415, l'empereur Sigismond I^er se rend à Perpignan pour un pseudo-concile avec le roi d'Aragon Ferdinand I^er et l'antipape Benoît XIII. Il en repart le 5 novembre 1415 sans avoir convaincu ce dernier d’abdiquer⁵⁰.

En 1463, Louis XI occupe Perpignan en confirmant leurs anciens droits^51,52, mais la ville se soulève contre les Français en 1473. Après un siège terrible, qui se termina le 2 février 1475⁵³, le titre de « Fidelíssima vila de Perpinyà » (Très fidèle ville de Perpignan) fut décerné par les rois d’Aragon.

Plus tard, en 1493, Charles VIII restitua le Roussillon et la Cerdagne aux Rois catholiques, qui venaient de fonder l'unité d'Espagne, par le mariage entre la Castille et l'Aragon⁵⁴.

Malheureusement, la rivalité franco-espagnole et les conflits qui suivirent devaient faire chuter l'économie de Perpignan, dotée par Philippe II, à cet égard, de puissantes fortifications.

Devenue place avancée de la monarchie espagnole face à la France depuis 1479, Perpignan entre dans une logique militaire, enfermée dans des remparts puissants renforcés à toutes les époques (Vauban notamment), elle n’est plus qu’un enjeu entre les deux grandes puissances. Prise par les armées de Louis XIII en 1642, elle est annexée avec le reste du Roussillon (en fait, les provinces ou comarques historiques du Roussillon, du Conflent, du Vallespir, du Capcir, de Cerdagne (Haute-Cerdagne, l'autre partie, la Basse-Cerdagne se trouvant en Catalogne) et celle, occitane, du Fenouillèdes) au royaume de France par le traité des Pyrénées de 1659.

Le 10 avril 1660, Louis XIV fait son entrée à Perpignan